Der Name des Urgetreides „Einkorn“ (lat. Triticum monococcum) ist darauf zurückzuführen, dass sich auf jedem Absatz der Ährenspindel jeweils nur ein Korn befindet. An der kurzen, flachen Ähre sitzen sich somit jeweils nur einzelne Körner paarweise gegenüber. In manchen Ländern wird Einkorn übersetzt als „kleiner Dinkel“ oder „kleiner Spelz“ bezeichnet, in anderen Ländern hat Einkorn einen eigenen Namen, so z.B. „Alakor“ in Ungarn oder „Limetz“ in Bulgarien.
Bereits in der Jungsteinzeit, d.h. um 7500 v.Chr., begann der Mensch Einkorn anzubauen. Die Domestizierung des zuvor vermutlich wild gesammelten Urweizens nahm ihren Anfang in der heutigen Türkei und dem Nahen Osten. Von dort aus verbreitete sich das Getreide nach Europa und wurde fester Bestandteil der neolithischen und bronzezeitlichen Kultur. So fand man auch im Magen von „Ötzi“ (einem vor ca. 3.300 v.Chr. in den Hochalpen Südtirols zu Tode gekommenen und vom Eis mumifizierten Mann) Reste von Einkornbrot.
Im Laufe der Zeit verdrängten ertragreichere Getreidearten wie Emmer, Gerste, Dinkel und Weizen das Einkorn. Nur sehr lokal wurde das Urgetreide als traditionelles Lebensmittel, als Viehfutter oder zur Nutzung des dünnen, langen Strohs noch bis ins 20. Jahrhundert in wenigen Regionen Europas angebaut.
Wie der moderne Weichweizen (lat. Triticum aestivum) gehört Einkorn zwar zur Gattung „Triticum“ – es ist aber nicht in direkter Linie der „Urvater des modernen Weizens“. Vielmehr ist unser heutiger Brotweizen ein Resultat von Kreuzungen aus verschiedenen Triticum-Arten und Wildgräsern. So werden die Unterschiede zwischen Einkorn und anderen Vertretern der Gattung „Weizen“ beim Blick auf die Genetik deutlich. Einkorn ist diploid (14 Chromosomen), nur mit dem A-Genom ausgestattet, und somit durch seine simple Genetik sehr klar von entwicklungsgeschichtlich jüngeren Weizenarten abgegrenzt: Emmer ist tetraploid (28 Chromosomen) und weist ein BA-Genom auf. Die hexaploiden Arten Dinkel und Weizen stehen sich genetisch bereits sehr nahe (B, A und D Genom, 42 Chromosomen). Unser heutiger, „moderner“ Weichweizen wurde in den zurückliegenden Jahrzehnten zudem durch intensive Züchtung in Hochleistungssorten differenziert. Ziel dieser Züchtungen beim Brotweizen waren die Steigerung der Ernteerträge bzw. die Verbesserung der Backeigenschaften, d.h. die Erhöhung von Protein- und Glutengehalt.